El Archivo Municipal es un archivo público. Custodia los documentos generados por el Ayuntamiento a lo largo de sus casi doscientos años de historia. Por ello el Archivo Municipal de Aranjuez tiene su origen en 1836, en el mismo momento en que se crea el Ayuntamiento de Aranjuez. Aranjuez, hasta entonces, y por su condición de Real Sitio, había estado regida por gobernadores, nombrados por el Rey. Es en el siglo XIX cuando aparece la figura del Alcalde y surge la Institución Municipal. No obstante se custodian algunos documentos anteriores a esa fecha.
A lo largo del siglo XIX los documentos hacen mención al Archivo. Asimismo, se conservan inventarios de principios del siglo XX. El Archivo Municipal estuvo ubicado en la Casa Consistorial. Desde 1993 se encuentra en el Centro Cultural Isabel de Farnesio, atendiendo a dos objetivos: custodiar el patrimonio documental municipal y poner el mismo al servicio de los ciudadanos.
Desde 1990 el Archivo Municipal de Aranjuez forma parte del Grupo de Archiveros Municipales de Madrid, a través de su dirección y en representación del Ayuntamiento de Aranjuez.
El 25 de octubre de 2020 el Ayuntamiento Pleno de Aranjuez suscribió la Declaración Universal sobre los Archivos (International Council of Archives- UNESCO)